Pelayanan kesehatan di poliklinik UMY yang menyediakan dokter umum, dokter gigi serta obat-obatan bagi mahasiswa, faslitias kesehatan ini bisa dimanfaatkan selama perkuliahan tanpa dipungut biaya. Di Klinik Pratama 24 Jam Firdaus mahasiswa bisa menikmati layanan kesehatan yang dilengkapi layanan psikologi dan teknologi modern seperti Body Compotition Monitor. Selain itu mahasiswa juga bisa mendapatkan pelayanan kesehatan di Asri Medical Center (AMC) yang kini semakin prima karena memiliki pelayanan kesehatan rawat inap, umum dan spesialis seperti mata, penyakit dalam, kebidanan, syaraf, cardiovaskular dan lain sebagainya. Selain itu, mahasiswa juga bisa mendapatkan layanan di RS PKU Muhammadiyah Yogyakarta jasa medis dan pengurangan biaya obat rawat jalan sebesar Rp 7.500 dan keringanan biaya rawat inap sebesar Rp 200.000